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Médecine Alternative

Identification de nouveaux phyto-produits chimiques d'Ocimum basilicum pour le traitement de la maladie de Parkinson en utilisant une approche in silico.

PMID:

Curr Comput Aided Drug Des. 2020; 16 (4): 420-434. PMID: 32883197

Titre du résumé:

Identification de nouveaux phyto-produits chimiques d'Ocimum basilicum pour le traitement de la maladie de Parkinson à l'aide de l'approche In Silico.

Abstrait:

CONTEXTE: La maladie de Parkinson est caractérisée par une diminution du taux de neurotransmetteurs dopaminergiques et cette diminution est due à la dégradation de la dopamine par la protéine monoamine oxydase B (MAO-B). Afin de traiter la maladie de Parkinson, la MAO-B doit être inhibée.OBJECTIF: découvrir les nouveaux composés phytochimiques de la plante Ocimum basilicum qui peuvent inhiber la MAO-B en utilisant les méthodes in silico.METHODS: Les données des constituants chimiques à partir de la plante Ocimum basilicum a été recueilli et l'activité inhibitrice de ces composés phytochimiques a ensuite été prédite en utilisant les méthodes de dépistage virtuel basé sur la structure (SB) et basé sur le ligand (LBVS). L'amarrage moléculaire, l'une des méthodes courantes de criblage virtuel basé sur la structure, a été utilisé au cours de cette recherche. Traditionnellement, l'ancrage moléculaire est utilisé pour prédire l'orientation et l'affinité de liaison du ligand dans le site actif de la protéine. Le logiciel Molegro Virtual Docker (MVD) a été utilisé à cette fin. D'autre part, Random Forest Model, l'une des méthodes LBVS, a également été utilisé pour prédire l'activité de ces constituants chimiques d'Ocimum basilicum contre le MAO-B.RÉSULTATS: Au cours des études d'amarrage, tous les 108 composés trouvés dans Ocimum basilicum ont été ancrés dans le site actif de MAO-B (code PDB: 4A79), parmi lesquels 57 composés ont réussi à former la liaison hydrogène avec le tyr 435, un acide aminé crucial pour l'activité biologique de l'enzyme. Rutine (-182,976 Kcal / mol), Lutéoline (-163,171 Kcal / mol), Eriodictyol-7-O-glucoside (- 160,13 Kcal / mol), Acide rosmarinique (-133,484 Kcal / mol) et Isoquercitrine (-131,493 Kcal / mol) ) sont parmi les meilleurs résultats avec le score MolDock le plus élevé ainsi que l'interaction de l'hydrogène avec le tyr 435. En utilisant le modèle RF, dix composés sur 108 constituants chimiques d'Ocimum basilicum étaient prédits actifs, Apigénine (1.0), Eriodictyol (1.0) L'orientine (0,876), le kaempférol (0,8536), la lutéoline (0,813953) et l'acide rosmarinique (0,7738095) seraient les plus actifs avec le score RF le plus élevé. CONCLUSION: La comparaison des deux méthodes de dépistage montre que les dix composés prédits être actif par le modèle RF, se retrouvent également dans les meilleurs résultats des études d'amarrage avec le score le plus élevé. Les meilleurs résultats obtenus au cours de cette étude devraient être l'inhibiteur de la MAO-B et pourraient donc être utilisés davantage pour le développement de médicaments pour le traitement de la maladie de Parkinson (MP).

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